Este hospital fue fundado en el año 1123 por Raeré, que murió en el año 1144 y enterrado en la cercana iglesia prioral de Sant Bartomeu el Gran. La disolución de los monasterios durante la reforma anglicana no afectó a la existencia de este hospital pero lo dejó sin ingresos. Fue refundado por el rey Enrique VIII en diciembre de 1546.
El St Bartholomew’s Hospital sobrevivió al Gran Incendio de Londres y al the Blitz de la Segunda Guerra Mundial. En 1843, se estableció el St Bartholomew’s Hospital Medical College para la formación de médicos.